Зелен водоник је идеално гориво за транспорт са великим потенцијалом, које може играти кључну улогу у декарбонизацији транспортног сектора. У поређењу са традиционалним фосилним горивима, зелен водоник производи само воду када се спаљује, без икаквих штетних емисија гаса, што је веома корисно за заштиту животне средине. У области саобраћаја, зелени водоник се може користити у возилима са горивним ћелијама (FCV), као што су аутомобили, аутобуси и тешки камиони. ФЦВ користе водоник и кисеоник за генерисање електричне енергије кроз горивне ћелије за покретање возила, са предностима високе ефикасности и брзог пуњења горива. У области ваздухопловства и поморског транспорта, иако још увек постоје неки технички изазови, очекује се да ће зелени водоник и његови производници, као што је зелени амонијак, такође постати чиста алтернативна горива у будућности, помажући овим областима да смање емисије угљеника.